肺脏里常见的真菌感染有隐球菌、肺曲菌、毛霉菌、组织胞浆菌、芽生菌、球孢子菌等。这些真菌部分在 HE 常规切片是可以识别的。进一步的识别还要结合特殊染色,如六胺银染色(Grocott’s Gomori methenamine silver,GMS)染色、过碘酸盐希夫染色(periodic acid-Schiff,PAS)、Fontana-Masson(FM)染色、黏液卡红染色(mucicarmine)等
主要介绍下肺隐球菌病(pulmonarycryptococcus)，它是由孢子菌属酵母菌样真菌-新型或格特隐球菌引起的系统性感染性疾病,可感染健康的个体,病变主要是肺部,但多数是发生在细胞免疫功能损害或有其他严重疾病的患者,且常表现为播散性隐球菌病,特别是霍奇金淋巴瘤、长期使用激素治疗（如强的松）患者、肺结节病、糖尿病患者以及 AIDS 和其他被破坏了细胞免疫的个体。
该病好发于青壮年,但常发生在 30~50岁,大约 1/3 患者表现为无症状。患者常表现为慢性咳嗽、低度发热、胸膜性或非胸膜性胸痛、咳黏液痰、身体不适和体重减轻。胸部X线表现为肺和间质浸润改变,可有单个或多个结节。肺段和小叶实变,可发生空洞变(10%~15%发生率),肺门淋巴结肿大和胸水少见。进展性肺隐球菌病，较常见是由肺经血行播散到脑膜,其他器官受累相对较少,但可经肺原发病灶播散到皮肤、骨、关节、淋巴结、肾、前列腺、脾、肝和其他内脏。
大体表现为受累肺脏切面可见实性灰黄、棕黄色团块状实变区域,可单个或多发,切面呈黏液样或胶样改变。在播散性感染的肺脏重量较重,有实变区域。有些病人可以呈现肺门淋巴结肿大，肉眼呈灰黄色。隐球菌可同时累及肺脏及肺门淋巴结。
在光镜下免疫功能正常的患者,隐球菌组织学改变常表现为肉芽肿性炎症反应。由大量的组织细胞、多核巨细胞、上皮样组织细胞聚集,以慢性炎症纤维化为背景构成的肉芽肿。有时还可以见到非特异性的闭塞性细支气管炎以及机化性肺炎的改变。在苏木素-伊红（HE）常规染色切片中,隐球菌体周围形成透明的空隙,这是由于菌体厚层膜收缩而形成的人为改变。菌体若在多核巨细胞内,菌体周围的透明区就更为明显、六胺银及 PAS 均阳性，六胺银染色菌体呈黑色，黏液卡红染色隐球菌菌体外膜被染成鲜红色。
隐球菌有一层含黏多糖的厚膜,故黏液卡红染色时,菌体外膜被染成鲜红色,而在其他真菌无黏多糖膜,因此黏液卡红染色对隐球菌具有特征性诊断意义。播散性隐球菌病常不形成肉芽肿,真菌充满在肺泡腔内以及分布在肺间质和毛细血管内。